# 공간 전사체 분석 (Spatial Transcriptomics) 공간 전사체 분석은 조직 샘플 내에서 세포의 위치 정보를 유지한 채로, 각 위치의 유전자 발현 프로파일(전사체, transcriptome)을 분석하는 최신 기술이다. 이를 통해 어떤 유전자가 조직의 어느 부위에서 발현되는지를 지도의 형태로 파악할 수 있다. ## 주요 기술 원리 - **마이크로어레이 기반 기술 (e.g., 10x Genomics Visium):** 1. 조직 절편을 공간적 바코드(spatial barcode)가 인쇄된 특수 슬라이드 위에 올린다. 각 바코드는 슬라이드 위의 고유한 위치(좌표) 정보를 담고 있다. 2. 조직을 투과시켜 세포 내 mRNA가 방출되도록 한다. 3. mRNA는 바로 아래에 있는 공간 바코드가 포함된 캡처 프로브(capture probe)에 결합한다. 4. 캡처된 mRNA를 역전사하여 cDNA 라이브러리를 만들고 차세대 시퀀싱(NGS)을 수행한다. 5. 시퀀싱 결과를 각 공간 바코드의 좌표와 매칭하여, 조직 이미지 위에 유전자 발현 데이터를 시각화한다. - **이미징 기반 기술 (e.g., MERFISH, seqFISH):** - 특정 mRNA 서열에 결합하는 형광 프로브를 이용하여, 개별 mRNA 분자의 위치를 직접 이미징하는 방식이다. 수천 개의 유전자를 단일 세포 해상도로 분석할 수 있다. ## 면역학 연구에서의 활용 - **[[종양미세환경 (TME)]] 분석:** 암세포와 면역세포 간의 상호작용을 유전자 수준에서 이해할 수 있다. 예를 들어, [[종양침윤림프구 (TIL)]]가 특정 구역에서 왜 기능이 억제되는지(T cell exhaustion), 어떤 신호 전달 경로가 관여하는지를 밝힐 수 있다. - **3차 림프 구조 (Tertiary Lymphoid Structures, TLS) 연구:** 암 조직 내에서 면역 반응의 허브 역할을 하는 TLS의 형성과 기능에 관련된 유전자 프로그램을 분석한다. - **질병 조직의 이질성(heterogeneity) 연구:** 동일한 조직 내에서도 위치에 따라 세포의 상태와 기능이 어떻게 다른지를 규명한다. 공간 전사체 분석은 단백질 정보를 제공하는 [[순차적 면역형광염색법 (seqIF)]]과 상호 보완적으로 사용되어, 조직의 복잡성을 전례 없는 수준으로 이해하게 해주는 강력한 도구이다. --- **관련 문서:** [[순차적 면역형광염색법 (seqIF)]], [[종양미세환경 (TME)]]