**퍼콜(Percol)**은 시퀀싱 그 자체의 기술은 아니고, **시퀀싱 전에 세포를 정제·분리할 때 쓰는 밀도구배 용액**이야.
특히 **PBMC, T/B/NK 분리** 같은 면역세포 실험에서 아주 흔하게 등장해.
---
## 한 줄 정의
👉 **Percoll = 원심분리로 세포를 밀도 차이로 분리하는 용액**
👉 **시퀀싱 전 샘플 퀄리티를 좌우하는 전처리 단계**
---
## Percoll이 뭔데?
- **실리카 입자 + PVP(polyvinylpyrrolidone)** 코팅
- 등장력: **밀도는 조절 가능, 독성 낮음**
- 원심분리하면
- **밀도 낮은 세포 → 위**
- **밀도 높은 세포 → 아래**
---
## 시퀀싱에서 Percoll은 언제 쓰이냐?
### 1️⃣ PBMC / immune cell 분리
- 혈액에서
- 림프구 (T/B/NK)
- 단핵구
- RBC, granulocyte 제거
👉 **10x Genomics scRNA-seq 전에 매우 흔함**
---
### 2️⃣ 조직 dissociation 후 debris 제거
- tumor, brain, skin 등
- 죽은 세포 / 파편 제거
- **viability ↑ → doublet ↓ → ambient RNA ↓**
---
### 3️⃣ 특정 세포 enrichment
예:
- Activated lymphocyte
- Density 다른 tumor cell subpopulation
---
## Ficoll이랑 뭐가 달라?
많이 헷갈려서 같이 정리해줄게.
|항목|Percoll|Ficoll|
|---|---|---|
|밀도 조절|✅ 자유로움|❌ 고정|
|세포 손상|낮음|보통|
|정밀 분리|✅|△|
|PBMC routine|△|✅|
|커스터마이징|✅|❌|
👉 **대충 PBMC → Ficoll**
👉 **정밀/커스텀 → Percoll**
---
## scRNA-seq에서 Percoll의 장단점
### 👍 장점
- dead cell 제거 → **ambient RNA 감소**
- debris 감소 → **background gene ↓**
- downstream QC 좋아짐
### 👎 단점
- 조건 잘못 잡으면
- 특정 cell type 소실
- activation bias
- centrifuge 조건 민감
---
## 네가 이전에 물어본 TCR-B cell 이슈랑 연결하면 👇
Percoll 전처리가 **완벽하지 않으면**:
- 깨진 T cell → TCR mRNA 방출
- B cell droplet에 섞임
👉 **“TCR 발현 B cell”처럼 보이는 contamination 증가**
즉,
> Percoll은 문제를 만들 수도 있고, **제대로 쓰면 문제를 줄여주는 도구**야.
---
## 실험 노트에서 이런 문장 보면 이 뜻임
> “Cells were isolated using a discontinuous Percoll gradient (40%/80%).”
👉 **세포를 밀도로 나눠서 깨끗하게 골랐다**는 의미
👉 reviewer에게는 *“QC 신경 썼다”*는 시그널
---
## 요약 🧠
- Percoll = **시퀀싱 전 세포 정제용 밀도구배**
- scRNA/TCR-seq에서 **품질을 좌우하는 숨은 핵심**
- TCR-B cell 같은 artifact와 **직접적으로 연결됨**