Visium = 넓게 보는 공간 전사체 (지도 느낌)
Xenium = 개별 세포를 정밀하게 보는 현미경
Visium

Xenium

|구분|**Visium**|**Xenium**|
|---|---|---|
|회사 / 플랫폼|10x Genomics|10x Genomics|
|기술 분류|Spatial Transcriptomics (NGS 기반)|In situ Spatial Transcriptomics (이미징 기반)|
|해상도|Spot 단위 (1 spot ≈ 여러 세포)|단일세포|
|측정 방식|Barcoded slide + RNA-seq|형광 표지 RNA를 현미경으로 직접 검출|
|측정 유전자 수|전사체 전체 (unbiased)|선택 유전자 panel (수백~수천 개)|
|출력 데이터|spot × gene 발현 행렬|cell × gene 발현 행렬|
|조직 커버 범위|넓음 (mm 단위)|좁음 (고해상도 영역 위주)|
|공간 해상도|중간|아주 높음|
|Cell segmentation|불가능 (spot 평균)|가능 (핵·세포 경계 인식)|
|Cell type 분석|제한적|정확|
|미세환경 분석 (TME)|개략적|정밀|
|Marker discovery|가능|제한|
|Marker validation|제한|매우 적합|
|비용|상대적으로 저렴|고가|
|실험 난이도|중간|높음 (장비·프로토콜 복잡)|
|데이터 용량|비교적 작음|큼 (이미지 포함)|
|분석 주요 툴|Space Ranger, Seurat, Scanpy|Xenium Analyzer, Seurat, Scanpy|
|추천 용도|전체 조직 발현 지도 작성|단일세포 공간 분석|
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관련 문서:[[Spatial Transcriptomics]]