https://www.sc-best-practices.org/conditions/gsea_pathway.html ## 1. 전사체 기반 - **[[scRNA‑seq]]** - **무엇을 측정하나?**: 개별 세포의 전사체 전체(유전자 발현량) - **주요 플랫폼**: 10x Genomics Chromium, Smart‑seq3, Drop‑seq - **응용**: 세포 타입 동정, 분화 궤적 분석, 클러스터링 - **CITE‑seq (Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by sequencing)** - **무엇을 측정하나?**: scRNA‑seq + 표면 단백질(항체에 달린 DNA 바코드) - **장점**: 유전자 발현과 단백질 수준을 동시에 측정 → 더 정확한 세포 타입 주석 - **scSLAM‑seq** - **무엇을 측정하나?**: 전사체에 신규 합성된 RNA만 선택적 검출 (4sU 라벨링) - **응용**: 전사 속도, RNA 안정성 동역학 연구 --- ## 2. 조절 영역 / 후성유전체 - **[[scATAC‑seq]]** - 크로마틴 접근성 - **scCUT&Tag / scCUT&RUN** - **무엇을 측정하나?**: 특정 히스톤 변형(histone marks)이나 전사인자 결합 부위 - **응용**: 염색질 상태, 전사인자 활성성 맵핑 - **scChIP‑seq** - **무엇을 측정하나?**: 개별 세포 수준의 히스톤 변형 혹은 단백질‑DNA 결합 - **제약**: 신호 강도가 약하고 셀 수가 많아야 하는 경우가 많음 - **scMethylome (e.g. scBS‑seq, snmC‑seq)** - **무엇을 측정하나?**: 단일 세포 DNA 메틸화 패턴 - **응용**: 세포 타입별 메틸레이션 이질성, 발달 단계 연구 - **Hi‑C / scHi‑C** - **무엇을 측정하나?**: 3D 게놈 구조(접힘/루프) - **scHi‑C 제약**: 단일 세포당 커버리지가 낮아, pseudo‑bulk 분석을 병행 --- ## 3. 면역수용체 & 유전체 편집 - **TCR‑seq / BCR‑seq** (언급하신 것) - **무엇을 측정하나?**: T/B 세포의 보체결합부(CDR) 유전자 재조합 서열 - **VDJ‑seq (AIRR‑seq)** - 표준화된 TCR/BCR 시퀀싱 프로토콜 및 데이터 포맷(Antibody Immune Receptor Repertoire) - **Perturb‑seq / CRISPR‑screening + scRNA‑seq** - **무엇을 측정하나?**: 세포에 도입된 sgRNA 정보 + 전사체 - **응용**: 유전자 기능 스크리닝, 유전자‑표현형 매핑 --- ## 4. 다중 오믹스 / 통합 - **10x Multiome** - **무엇을 측정하나?**: 하나의 세포에서 동시에 scRNA‑seq + scATAC‑seq - **장점**: 전사체와 크로마틴 접근성을 직접 매칭 - **SNARE‑seq / SHARE‑seq** - **무엇을 측정하나?**: scRNA + scATAC, 혹은 추가적인 후성유전체 레이어 - **응용**: 단일 세포 다중 레이어 통합 분석 - **seqFISH / MERFISH (Spatial transcriptomics)** - **무엇을 측정하나?**: 조직 내 공간 정보까지 포함한 유전자 발현 맵 - **응용**: 조직 구조·미세환경과 연계된 세포 기능 연구 - **Slide‑seq / Visium** - **무엇을 측정하나?**: 저해상도 공간 전사체 (공간 바코드 기반) --- ### 요약 |분류|기법|측정 대상| |---|---|---| |전사체|scRNA‑seq, CITE‑seq, scSLAM‑seq|유전자 발현, 표면 단백질, RNA 동역학| |후성유전체|scATAC‑seq, scCUT&Tag, scChIP‑seq, scMethylome, scHi‑C|크로마틴 접근성, 히스톤 변형, 3D 구조, 메틸화| |면역수용체|TCR‑seq, BCR‑seq, VDJ‑seq|T/B 세포 수용체 재조합 서열| |유전자 교정 스크린|Perturb‑seq|유전자 편집 정보 + 전사체| |다중 오믹스|10x Multiome, SNARE‑seq, SHARE‑seq|RNA+ATAC (다중 레이어)| |공간 전사체|seqFISH, MERFISH, Slide‑seq, Visium|조직 내 유전자 발현 위치| 이 외에도 계속해서 새로운 single‑cell/Spatial Omics 기법들이 개발 중이니, 연구 질문에 맞춰 최신 문헌을 참고하시는 것을 권장드립니다.